Početak rata u Hrvatskoj fra Miljenka Stojića je zatekao u Rimu na postdiplomskom studiju kršćanske i franjevačke duhovnosti. Najteži mu je bio sam početak toga rata. Htio se vratiti nazad i pomoći u obrani. Nekako je razabrao da treba barem magistrirati ono što je započeo, a da u međuvremenu pomogne borbu za oslobođenje na sve moguće načine. Počeo je to ustrajno činiti. No, najviše ga je radovao rad s vojskom u trenutcima kada bi ugrabio nešto vremena i došao kući. Naravno da je s tim nastavio i kada je počeo rat u Bosni i Hercegovini. Hercegovačka franjevačka provincija na sjednici 13. travnja 1992. neku braću određuje za duhovnu skrb vojnicima. Nije bio među njima zbog studija u inozemstvu, ali je i dalje nastavljao svoj započeti rad. Dovršivši studij vraća se najprije u Hrvatsku, a onda u Bosnu i Hercegovinu. Nastoji što više biti s vojnicima. Osmišljava oznaku koju kasnije nose i drugi vojni dušobrižnici iz Hercegovačke franjevačke provincije. Kako je bilo u tim vremenima, mrvicu se može vidjeti u reportaži s Golije.